Вы хотите вменяемую инструкцию ЗДЕСЬ?)))
Делал 7 магазинов на поддоменах, все по крупицам собирал в гугле)))
Основной костяк решения состоит в кастомном скрипте, он получает текущий поддомен и далее выводит/переключает свои данные - шаблоны и т.д. Для выбора, где какой товар показывать, создаешь дополнительно поле-чекбокс. Для отображения разных данных (телефон, емайл адрес) - также доп. поля. Это все для управления из админки.
Для своих магазинов естественно эту лабуду не делал, все вставляю прямо в tpl, зачем каждый раз спрашивать у БД номер телефона, если его можно вписать прямо в шаблон и забыть про него на год?
И так не бывает, что разное только товары! А телефон? А адреса? А цены?