Unity с Xamarin не имеет ничего общего, у них разные версии Mono и разный процесс сборки, Unity вообще можно в плюсы скомпилировать. Если очень хочется, то можно настроить взаимодействие приложения на Xamarin и приложения Unity, но это будет просто две половинки, работающие вместе, а не один проект.