Субмодули - палка о двух концах.
Плюсы:
1. Версионирование нескольких проектов
Минусы:
1. Неявные зависимости между проектами (изменение в одном проекте, приводит к изменениям в другом)
2. Повышение порога входа в проект (мало кто из разработчиков использует субмодули)
Когда я работал в проекте, в котором использовались субмодули это был ад - чтобы сделать коммит в субмодуль, приходилось копаться в 2-3 проектах, которые ты в первый раз видишь. Также, приходилось постоянно просить пермишены на заливку в эти проекты, чтобы обновить версию субмодуля.
Если есть возможность сделать без субмодулей - сделайте без них. В Python есть пакеты - готовые к продакшену библиотеки, наверняка, и в PHP есть аналоги пакетов / библиотек.
