SSHFS минует SambaSSHFS не имеет никакого отношения к SAMBA и никак не зависит.
Получается, ему не нужен Samba?Ну разумеется.
А в Windows есть кастомный клиент для подключения к удалённым файлам, и он работает с портом 139, но по какому протоколу?Никто кроме вас не может знать какой именно кастомный клиент вы поставили в свою версию windows.
И есть ли для Windows аналоги SSHFS, работающие по SSH, минуя порты и посредников по типу Samba?В чем аналоги? Что конкретно вам нужно? О каких портах идет речь?
И что лучше, встроенный удалённый диск Windows, или ПО типа SSHFS?Что такое встроенный удаленный диск, и для каких целей он должен быть лучше или хуже?