В питоне я просто провожу необходимые операции над строкой запроса. Полагаю, следует формировать структуру БД и запросы так, чтобы минимально в них влезать, при этом по возможности максимально разделяя функции, выполняемые в вашем ЯП и функции, выполняемые SQL сервером. Например, если что-то можно проверить прямо в запросе, можно сделать это в запросе, сгрузив уже результат.
Если запрос надо менять сильно, может лучше использовать два разных запроса, оптимизировав каждый под свою задачу?