xutegino, попробуй еще через --force-renewal. Certbot запрашивать новый сертификат с теми же доменами, что и существующий сертификат. Каждый домен должен быть явно указан через -d. В случае успеха этот сертификат сохраняется вместе с предыдущим, а символические ссылки будут обновлены, чтобы указать на новый сертификат.