Зря вы так с ними. Папки tests и runtime вам никакой нагрузки не дают. Размер tests по сравнению с остальными частями системы обычно ничтожен, а само ее наличие никакой нагрузки на сервер не создает (вообще никакой). Без папки runtime вы не сможете запустить проект, это папка для временных файлов, которые возникают во время работы.
Разворачивать проект можно руками, самописными скриптом или с помощью готовых инструментов типа
Сapistrano.
При деплое лучше убедитесь что, при установке пакетов, Composer запускается с ключами --no-dev (не устанавливать зависимости, требуемые для разработки) и -o (оптимизировать автозагрузчик) - вот это действительно даст выигрыш и по нагрузке на систему и по занимаемому месту.