Настроил для домена конфиг:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin admin@example.com
ServerName example.com
ServerAlias www.example.com
DocumentRoot /var/www/example.com/public_html
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
</VirtualHost>
И аналогично для домена 3 уровня:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin admin@example.com
ServerName cloud.example.com
ServerAlias www.cloud.example.com
DocumentRoot /var/www/cloud.example.com/public_html
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
</VirtualHost>
example.com - работает
cloud.example.com - не работает
"A" запись в DNS сделал.