защититься от таких угроз как кража
Если физическая кража компа, то можно разделить все данные на части типа пиринговых сетей и хранить в географически разных местах. Доступ только к части данных бесполезен.
Если подключение и слив данных, то шифрование никак не поможет - ведь во включенном состоянии данные будут расшифрованы. Уменьшить вероятность помогут очевидные советы: обновлять ОС, поставить и обновлять антивирус, грамотное администрирование (если не уверены в своих силах - обратитесь к профессионалу), без необходимости не сидеть под рутом, не открывать аттачи в незнакомых письмах, не ходить по сомнительным сайтам и т.д.
Но вообще все это лишь видимость защиты. Представьте, что уведут ваш ssh-пароль от этого компа, подключатся к нему и сольют данные. Будь он хоть в охраняемом подземном бункере с зашифрованным диском.