Нужно постоянно делать бекапыТак делайте, что мешает-то.
нужно с папки X выгрузить ее содержимое на удаленный сервер и удалить файлыПишите скрипт который будет выгружать и удалять и прописываете его выполнение в планировщике.
Все это чтоб в фоне происходилоЗапускайте задачу от имени другого пользователя и все будет в фоне.