Вы бы указали язык, на котором пишите. Или фреймворк.
Вообще это нормально, когда не все файлы хранятся в репозитории. Многие файлы могут быть проигнорированы, вплоть до целых папок.
Например в Yii есть папка vendor. Она не хранится в репозитории, а подтягивается через composer.
Скорее всего у Вас подобная ситуация.