Подскажите, пожалуйста, есть ли смысл в этом в плане SEO?
Смысл есть только если у Вас есть бюджет на развитие двух проектов.
Как я понимаю вес линков между доменами выше, чем между разделами одного домена, а также тематичность/релевантность выше, но новый домен хуже чем старый, то есть менее трастовый и ПС будут его плохо ранжировать?
Вы же понимаете, что факторов ранжирования сотни. Если Ваш текущий сайт качественный, медицинской тематики и туда хорошо вписывается раздел с консультациями врачей, лучше там его и оставить. Так Вы сможете быстрее и дешевле подняться в поисковой выдаче по новым запросам.
Пример запросов, по которым нужно быть в топе - "консультация врача онлайн" или "задать вопрос гинекологу онлайн" и так далее.
Соберите семантическое ядро (если его еще нет), изучите сайты конкурентов в ТОП выдачи, по интересующим Вас запросам. Попробуйте оценить Ваши затраты на создание нового сайта, его наполнение, продвижение и сроки, чтобы новый сайт качественно смог подвинуть ТОП. По выводам поймете нужен Вам сейчас второй сайт на отдельном домене или нет.