1. А че у вас редирект с ввв стоит после чпу ? вообще-то хтаксесс читается сверху вниз. И если вы хотите более раннего применения, милости просим, переместите вверх.
2. у вас дуратское ЧПУ
оно у вас не учитывает собственно файлов и директориев.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
#это не файл
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
# и это не линка
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
# и это не директория
# и защита от циткла, это не сам файл
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/index.php$
RewriteRule ^([a-z0-9\-/]+)$ index.php\?url=$1 [L]
Этого хватило ?
если нет то опишите более подробно ру это у вас физический файл каталог в общем чуть больше инфы, много ли таких ру или он один и можно сделат просто исключение.