я для себя этот вопрос решил давно. Человек, как известно, в основе своей зло. Сделать западло среднестатистичному человеку намного приятнее, чем добро. А если анонимно — то это ж вообще за милую душу. Именно поэтому нет ни одного хотя бы средних размеров сообщества, где обходятся без регулирующих функций (полиция, учитель, гуру,...).
Так что я не напрягаюсь и спокойно отношусь к своим минусам. Конечно, я ничего не смогу написать — но от этого хуже Хабру, а не мне (ИМХО).

может быть, Гугл-календарь? Лично мне он присылает уведомления в ДР моих контактов на Андроид-телефон

это был взлом пароля на фтп, вероятно. Очень вероятно, что на компе разработчика поселился троян, который и выдал пароль злоумышленникам.
Как защититься? Переходите на Линукс на рабочих странциях :) Другой вариант: некоторые хостеры предлагают ограничить фтп-доступ определёнными айпишниками — воспользуйтесь этой возможностью.
Ну и, конечно же, поменяйте пароль на фтп после тщательной проверки на вирусы всех компов, где этот пароль мог засветиться.

по описанию проблемы подходят все три. Я бы порекомендовал Git, как самый современный и распространённый.

нет, вас обманули. У меня если комментарии получают минус, то ниже -2 или -3 редко опускается. Про своё поведение сказать не могу, потому что я пока минусы не ставил.