Не нужно, за исключением некоторых очень редких случаев, когда на сервере должно крутиться нечто, что без гуёв не работает.
Где-то пишут что это понижает безопасность сервера - каким образом?
Вряд ли, по крайней мере классические gnome, kde, openbox и прочие не должны.
Есть ли смысл для настройки каких-то конкретных приложений устанавливать gui, а после настройки сносить его?
Нет, всё прекрасно настраивается через конфиги.
опять же где-то прочёл что в акронисе например не все команды работают через командную строку, а под графонием всё норм
Зачем вам акронис на сервере? Диск разметить? Есть fdisk, cfdisk, parted и куча других.
Сильно ли графический интерфейс ускоряет настройку и мониторинг системы?
Нет, только замедляет, а для мониторинга есть специальные системы, обычно на них интерфейс доступен через браузер.
И главный аргумент против - он будет только потреблять лишние ресурсы.