Без ORM, есть простые шаблоны. Твой репозиторий имеет метод Save, не важно обновил или создал новый АГРЕГАТ, все это передаешь методу Save, т.е. один метод вместо двух - Add и Delete. Допустим, ты обновляешь АГРЕГАТ, который состоит из трех сущностей, а в базе существуют три таблицы, т.е. каждая сущность маппиться на свою таблицу. Та сущнсость которая представляет корень АГРЕГАТА, будет использовать оператор UPDATE в SQL запросе, а дочерние сущности надо удалить (DELETE FROM..) и вставить заново(INSERT INTO). Все это делается в одной транзации базы данных, никакой вам Unit Of Work не нужен...
Попробуйте...