Как правило в таких случаях это либо ошибка платформы, либо кэш.
Попробуйте на другой платформе, очистив кэш.
отключали аппаратное ускорение и установили внешнюю видеокарту.
Видеокарта никак не участвует в работе 1с и никаким боком не влияет на ее работу, при любых обстоятельствах.
Забыл уточнить что база 1С крутится на виртуалке Win2003, Hyper-V
Не думаю что это может привести к ошибкам, однако выбор не лучший. Зачем такую старую систему крутить под виртуализацией, если уж используете виртуализацию гораздо оптимально использовать свежие ОС, работать будет эффективнее.