Насколько я помню USB накопители при регистрации создают разделы в этой ветке реестра.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Enum\USBSTOR
По идее, если наглухо закрыть возможность записи в эту ветку, то подключить флешку не получится, а если флешка уже прописана там, то она должна работать без проблем.
Вам получается нужно удалить все флешки прописанные в этой ветке на данный момент, подключить все "нужные" флешки чтобы они прописались, после чего запретить запись в ветку для всех.
Как-то так.
Сам не пробовал, нужды не было, обычно просто вырубал USB, поэтому насколько такое решение надежно и возможно ли его обойти сказать не могу.