ИМХО постановка вопроса про две и более AD некорректна в корне. В организации должна быть одна AD или как минимум одна GD (глобальный каталог), к которому и будет цепляться мессенджер и пр. Поэтому разбейте задачу на две:
Как организовать единый каталог?
Какая система обмена мгновенными сообщениями мне подойдет?
Непонятно при чем тут "вывод сервиса в интернет" и что под этим подразумевается.
Однако общего каталога не избежать. И добро если вам только каталог нужен, а если аутентификация... Можно реализовать сервис отдельно от компаний. На нем общий каталог, синхронизирующийся с обоими AD, там же сервер сообщений, тот же XMPP. Клиенты либо через туннель, либо по SSL-протоколу. Сервис может располагаться физически и на площадке одной из компаний.