Вогнать сервер в домен. После этого убрать из локальной группы "Администраторы" группу Domain Admins и загнать туда людей, которые будут его админить поименно. Если и шарами он не должен пользоваться - отредактировать локальные политики безопасности. Сервер разместить в отдельном OU, к которому не применяются общие политики (которые, я так полагаю, он может править). Обезопасить консоль - то есть исключить возможность подойти и что-либо сделать (политиками можно включить учетку локального админа и сменить ему пароль). Исключить возможность вскрыть системник - а лучше всего вообще его виртуализовать. Включить всевозможные логи, аудиты, журналы на максимум.