Насколько много вариантов частот необходимо?
Как вариант - сгенерировать несколько PLL с различными заданными частотами и в зависимости от необходимости переключать выходной clock (каким нибудь конечным автоматом)
на изображении я конечно утрирую, но в целом передаю суть. Если у вас действительно пара блоков - то можно вообще не писать код, а поставить мультиплексор, главное сформировать управляющий сигнал для него