Ну что ж, если задача стоит именно так, то:
1. Сделать проект с софт-процом NIOS-II
2. Добавить в него драйвер CY7C67200 для работы с USB устройствами
3. Добавить USB стек (инициализация устройств, работа с эндпоинтами)
3. Добавить драйвер HID (парсинг дескрипторов, определение что за устройство подключили)
4. Добавить драйвер мыши (с колбэками на нажатие кнопок и передвижение)
5. Написать небольшую программку и скомпилить под NIOS-II для реакции на мышиные кнопки
6. Соединить это всё в один проект и залить в ПЛИСину
Где это всё взять - хз, может есть готовые примеры. Несмотря на то, что звучит просто, каждый из пунктов может занять дни, недели, месяцы. С мышью PS/2 всё сильно проще, поэтому уточнил в комменте.