но программа замечает что прокси на локальном IP и перестает работать
Вот пожалуй проще "сломать" систему защиты, если освоить реверс-инжиниринг, чем модифицировать трафик.
Второй вариант - если действительно проблема в локальном IP, то VPS арендуйте и пусть будет не на локальном.
Кто-то знает примеры с открытым кодом (желательно на С # или Java ну или С ++)?
Судя по вопросу пример с открытым исходным кодом вам не поможет, особенно на C++, его еще подите скомпилируйте, а так - тот же Wireshark (Pcap) и прочие подобные драйвера NT, еще вариант подменить системные DLL "оберткой" (паттерн hook, proxy), в частности wsock32.dll, готовых решений с таким принципом не видел - не развито почему-то, но можно попытаться написать самому.