У каждого кошелька есть реквизиты: https://money.yandex.ru/doc.xml?id=525652 для пополнения от юрлиц (для пополнения от юрлиц — одни реквизиты, для пополнения со счета физлица — другие). Так что бухгалтерия без проблем может выплачивать на кошелёк.
Егор Огурцов: в назначении платежа надо будет указать номер кошелька человека, которому будете делать перевод, а по поводу актов лучше уточнить в бухгалтерии. Ещё можно подключить массовые выплаты Яндекс.Кассы: https://kassa.yandex.ru/payouts.