Совсем не обязательно всё это в одном репозитории хранить. Можешь сделать репозиторий шаблона, а к нему прицепить репозиторий своего проекта прямо на диске. Во внешнем источнике своего проекта просто пишешь путь к соседней папке, где шаблон лежит со всеми своими коммитами. В итоге у тебя будет два репозитория, но зато не будет свалки из коммитов шаблона и комитов своего проекта.