На счет безопасности ОС - это, видимо, не к Забиксу.
Для контроля целостности ОС можно воспользоваться чем-нибудь типа aide или подобной утилиты - по крайней мере узнаете не слишком поздно, что вас сломали.
Закрытый фаервол, авторизация ssh по ключу, бэкап - как-то все мимо забикса проходит :)