Не думаю, что у Вашего вопроса, если безусловный и едино правильный ответ. Прежде всего, всё зависит от фреймворка, которым Вы пользуетесь, соответственно, в разных фреймворках есть разные реализации таких механизмов.
Например, в Symfony2/3 есть такая штука как "DataTransformers", которая преобразует данные при сохранении/извлечении по заданной формуле. В Laravel 5.x - есть "Мутаторы", которые произволят аналогичные манипуляции с полями модели. Так же в зависимости от фреймворка, могут быть разнообразные фильтры, преобразователи и так далее.
Если Вы например используете шаблонизатор Twig - в нем есть масса готовых фильтров + возможность писать свои собственные, фильтруя данные перед их выводом. И, шаблон (вьюшка) - есть место для фильтрации данных не лучше и не хуже других, если Ваш шаблонизатор имеет такой механизм.
Но, давайте рассуждать логически. Вам когда-нибудь будет нужен текст 100% оригинал? То есть, такой текст, который бы сохранил все теги, которые ввёл пользователь, все пробелы (в том числе и лишние), регистр этих тегов и пр. подробности/особенности того, что пользователь ввёл?
Если да, но эти данные Вам будут нужны редко, для какой-то статистики например - то сохраняйте их в каком-то отдельном поле в БД, типа "user_text_original".
Если да (данные нужны в 100% оригинальной консистенции), и эти данные Вам будут нужны часто - фильтруйте их там, где Вам позволяет фреймворк или там, где они нужны уже отфильтрованные. Если они Вам зачем-то нужны в отфильтрованном виде внутри контроллера - фильтруйте их в контроллере, до того, как они там понадобятся, либо до того, как они попадут в контроллер (в модели). Если они Вам в контроллере не нужны и Вы можете фильтровать данные внутри View'шки - фильтруйте их там, без проблем.
И, самый вероятный вариант:
Если же, данные в их оригинальном виде Вам не нужны в 99% случаев, а нужны Вам уже отфильтрованные данные, с которых вычищены все лишние HTML-теги например, то возникает резонный вопрос: зачем постоянно гонять фильтры туда-суда, сохраняйте сразу отфильтрованные данные в БД, в соответствии с возможностями и механизмами Вашего фреймворка (как я уже писал выше, это могут быть DataTransformer'ы, Мутаторы и т.д.). Так как Вы удаляете из данных теги - их объём сокращается (это плюс), и так как Вы дёргаете фильтр всего 1 раз, сокращается нагрузка на систему (это так же плюс). Но такой расклад будет работать только в том случае, если сохраненные данные будут получаться чаще, чем сохраняться. То, например, если Вы выводите на страницу комментарии, то каждая независимая единица комментария, должна быть показана хотя бы 2 раза. То есть, если у Вас есть 1000 комментариев всего, то обработаться/отобразиться за всё время жизнедеятельности сайта, должно не менее 1000 комментариев, иначе фильтр будет убыточен с точки зрения производительности (такой вариант мало вероятен, но гипотетически возможен, что у Вас данные добавляются чаще, чем отображаются/обрабатываются хотя бы раз).
Я надеюсь, Вы поняли мысль, которую я хотел донести. MVC - это модель архитектуры приложения, довольно общая. В ней нет строгого деления или описания каких-то отдельных менанизмов, вроде обработки запросов или фильтрации данных. К тому же, MVC как архитектура/концепция была описана в 1979 году, несколько раньше чем появилось понятие "веб" или уже тем более "современный веб".
P.S. Я бы конечно мог расписать всё ещё более подробно, но и так много получилось...
