Можно ли язык C заменить perl?
Их надо знать оба. Бывает так, что основная программа пишется на C, а управляющий скрипт для этой программы пишется на интерпретируемом языке (Perl'е или Python'е).
Почему в вузах изучают C - потому что он содержит всё необходимое и не содержит ничего лишнего (можно сконцентрироваться на задаче).
Вот ты запускал какой-нибудь скрипт на Perl'е? А знаешь, что он выполнялся в интерпретаторе, который написан на C? На C написано много всего, о чём ты даже не думаешь. Даже этот сайт работает через nginx, а nginx написан на C.
Если ты выберешь один Perl, то не сможешь понимать исходники на C. А исходников на C с какими-либо примерами (вращение деревьев, например) больше, чем исходников на Perl'е. Так тебе нужно будет что-нибудь узнать, а ты не сможешь, потому что исходников на Perl'е не будет нигде.