для бэкапа файлов/папок сгодится и Bacula,
а в случае с MS SQL надо будет сначала сначала слить в файл скриптами, а потом уже бэкапить.
Если надо всё делать в онлайне и централизованно, то можно использовать коммерческие решения, типа HP DataProtector, но это очень дорогое решение и приведение его в рабочий вид — не такая тривиальная задача, а промежуточные версии бывают дико глючными. Умеет бэкапить коммерческие СУБД, через VSS тягает открытые файлы с Windows и делает много чего еще.
Думайте и решайте, что надо