установите на одном из компьютеров softether vpn сервер, на другом компьютере установите softether vpn клиент, подключайтесь к серверу в режиме SSL-VPN (а не sstp/openvpn/l2tp), softether поддерживает UDP hole punching связываясь с промежуточным сервером softether для установки соединения, работает даже когда оба компьютера за nat, но не поддерживает symmetric nat (
https://habrahabr.ru/post/150298/ )
внутри vpn передавайте данные любыми программами.
https://www.softether.org/4-docs/2-howto/6.VPN_Ser...
https://www.softether.org/4-docs/2-howto/7.Replace...
если vpn вам не нравится - bittorrent sync тоже умеет nat traversal
почему никаких файлообменников? вы знаете как работает например dropbox и что есть шифрование файлов, например encfs4win?