1) С панелью или без?
Если можно обойтись без панели - то лучше без неё:
- панель увеличивает attack surface. В прошлом году, в VestaCP нашли дыру, и они просили всех обновиться в срочном порядке, потому что серверы с VestaCP хакали в массовом порядке
- панель, которая вроде бы должна упрощать администрирование, добавляет сложности. Вы потеряет возможность тюнить конкретные конфиги, потому что Vesta (или другая панель) будут их создавать заново каждый раз, когда вы редактируете настройки из UI. А в UI может и не оказаться того, что вам надо
2) apache + nginx
Оно вам надо? Апач и без nginx справляется с 90% задач.
У меня стоял вот такой VestaCP с Apache + Nginx. Проблемы:
- веб-статистика сайта была искажённой, потому что я сразу не разобрался какие веб логи использовать. В тех, которые я настроил было правильное кол-во хитов, но но все приходили с одного IP.
- поменялся IP сервера. Оказалось, что это целая проблема - привязаться к новому IP
- как-то слетела конфигурация и перестали работать PHP скрипты. Разобраться так и не смог. Снёс всё...