ПРЕЖДЕ ЧЕМ СПРАШИВАТЬ ТАКОЕ, НАДО понимать, что такое QueryBuilder и что такое ActiveRecord
QueryBuilder - это конструктор SQL запроса
ActiveRecord - это ORM
эти две технологии по факту, теоретически НИКАК не связаны между собой, но ORM скорее всего использует QB
И разумно ли использовать один QueriBuilder в таком случае и отказаться от ActiveRecords, в частности при использовании запросов с JOIN, UNION
Да. Это нормальная практика. Не надо с помощью ORM пытаться делать большие запросы. ORM - для тривиальных вещей.