Основная статья:
https://wiki.gentoo.org/wiki/Handbook:AMD64/Instal...
По командам:
eselect kernel list
eselect kernel set linux-X.Y.Z-gentoo
cd /usr/src/linux
zcat /proc/config.gz >.config
make menuconfig # настраиваем
make -j5
make install modules_install # нет смысла делать -j при установке
make install копирует готовое ядро (bzImage) в /boot/vmlinuz-X.Y.Z-gentoo, так что руками доставать его не нужно.
Initramfs не нужен, если у Вас корневая ФС и /usr лежат на одном разделе диска (/dev/sdxN) и для корневой не сипользуются RAID, LVM, LUKS и т.п.
Если загрузчик -- grub2, то при grub2-mkconfig он сам ищет соответствующий /boot/initrd-X.Y.Z-gentoo. Если его нет, то загрузка будет и без initramfs.