сперва отделить статику от динамики. конфиги, кеш, логи, изображения загружаемые пользователями, и тд. - динамика, можно называть по другому, меняющиеся данные. Код, фрейм, шаблоны, изображения к ним, стили и скрипты - статика.
Статику добавляем в гит динамику игнорим