Лично мне попадать под удар вируса-шифратора не доводилось (тьфу, тьфу), но из общих соображений это дело должно зависеть от двух нюансов:
1. Что за вирус, т.е. есть ли в нём опция самораспространения и заражения других ПК. Если нету, и весь функционал ограничен только шифрованием, то вроде можно пользоваться, но... всё же надёжнее будет диск полностью очистить (форматнуть, и не быстро, а полностью), поскольку - а вдруг эта опция там есть?
2. Если вы собираетесь взяться за расшифровку зашифрованного, то трогать на этом компе ничего нельзя, пока не расшифруется. Т.е. пользоваться нельзя.
На мой взгляд, правильнее будет пользоваться, предварительно надёжно очистив диск, а инфа на нём... дело житейское, смириться с потерей.