Вкратце Eclat -- DFS поиск, а Apriori -- BFS.
Все топовые pattern mining алгоритмы построены на DFS (e.g., prefixSpan, gSpan; не нужно хранить фронт, эффективное отсечение), поэтому Eclat для неструктурированных данных хороший выбор.
Или еще лучше -- декларативный miningZinc на основе constraint programming:
https://dtai.cs.kuleuven.be/CP4IM/miningzinc/