Стандартного командлета под ваши условия в Powershell нет, а гуглить за вас и искать готовый, если он есть-я не буду.
1. Формируете список дубликатов файлов по именам типа так
spoilerGet-ChildItem -Recurse -File |
Group-Object -Property Directory,BaseName |
Where-Object Count -gt 1 |
Select-Object Name
Здесь есть другие варианты -
https://community.spiceworks.com/topic/1354430-get...
2. Делаете Get-ACL с одного файла и Set-ACL на второй
https://www.tutorialspoint.com/how-to-copy-ntfs-pe...
Понятно, что это упрощенная структура, так как задача описана нечетко.