1. Вероятность есть, и такое раздвоение ветки случается не редко. Для магазина, если на него не идет атака, это происходит незаметно. Блоки на одной высоте имеют примерно один набор транзакций. Ну будет она и в отвергнутом блоке, и в выигравшем. Что магазину с того? А даже если не будет в выигравшем, то будет в каком-то из следующих, если транзакция валидная.
Риск есть только если в другом блоке есть конкурирующая транзакция с возвратом монет себе, или оплатой другому продавцу. Но это надо преднамеренно
double-spend атаку делать, а дело это не то чтобы простое и дешевое.
2. Пока да, 1 мб, и это к вопросу не относится. Описанное не является проблемой, т.к. помимо nonce еще играют роль локальное время у майнера, как минимум. То есть даже с одним набором транзакций и с одинаковым нонсом один майнер может найти решение, а другой нет. И это без учета, что еще периодически транзакции накидываются, есть еще поля, которые могут быть изменены пулом, то есть сам заголовок блока тоже периодически меняется.
3. Когда как. Транзакции занимают разное количество места. Можно искусственно сделать транзакцию, которая одна в блок не влезет, а можно несколько тысяч транзакций запихнуть в один блок, если они мало места занимают.