Попробуйте отказаться от использования BAT/CMD файлов (ввиду крайне ограниченного набора команд), отдав предпочтение VB- или JS-скриптов. Для них есть
www.abyssmedia.com/scriptcryptor
Ещё как вариант: есть такая штука как Macro Scheduler Pro
Вот она свои скрипты, по-моему, может конвертить в EXE-файлы...
И самый последний вариант, но достаточно сложный, но неимоверно навороченный - это AutoIt
Можно сказать, что это уже практически язык программирования!
Для Windows 7, думаю, наиболее разумным решением будет скрипт на базе PowerShell, тем более что он уже есть
на уровне системы... Сделать можно вообще всё что надумаете и даже больше!