NVR позиционируется как законченное решение для конечного пользователя.
А сервера с ПО - для крупных распределенных систем. Они предоставляют больше возможностей.
Но бывают NVR и для больших систем, но они как правило представляют собой тот же сервер с предустановленным ПО.