Ксюша:
1. Ты пытаешься очень больно выстрелить себе в ногу. Практически всегда, если куда-то требуются рутовые права, можно выдать только необходимую их часть через sudo/acl/capabilities.
2. Но, не стреляя себе в ногу, опыта не наберёшься, да и вообще "because I can" - наш главный девиз, поэтому:
- проверь, что рут может входить с таким паролем локально
- посмотри, что интересного появляется в /var/log/auth.log
- удали всё лишнее из /etc/pam.d/php. По идее, можно оставить только pam_unix