в убунте модно юзать upstart ))
sudo apt-get install daemontools
exec /usr/bin/setuidgid username command and args
При таком раскладе в памяти не остается болтаться sudo от рута с параметрами запуска, но ставится не маленький такой daemontools
Если таки sudo достаточно, то sudo -u username -b command and args
Но не факт, что служба отстегнется в background