Операционная система без приложений, практически никому не нужна. Операционная система, которая будет полностью поддерживать приложения, написанные для другой операционной системы - огромнейшая, практически неподъемная работа.
Что подразумевается под российским аналогом Ubuntu?
Видимо у вас недостаток информации в том, что такое дистрибутив Linux, ибо ядро линукс общее для всех Линуксов, а дистрибутив разный.
Кроме того, Linux - открытый код, никаких запретов на него быть не должно. Другой вопрос, что ПО под Linux не так много.
Если кому-то не нравится кем финансируется Линукс - форкаете исходники и допиливаете свою - никто не запрещает. Просто если государство это хочет контролировать - пусть финансирует разработку, нанимает программистов, обеспечивает мощностями для поддержки репозитариев, для документации, для комьюнити.
Возможно вас заинтересует отечественный проект ReactOS, как один из самых свободных проектов, с замахом на запуск windows приложений - на Хабре про него отписываются в блоге. Уже на уровень 98 винды и даже дальше вышли успешно, и поддерживают виртуализацию.
Что же касается аналогов MacOS и Windows, обратите внимание на размер и прибыль Microsoft и Apple. Как вы думаете, в РФ реально может открыться и существовать такой проект, или его быстро подомнут под себя определенные структуры?
Вдобавок, любая частная разработка, включая отечественную, очень легко может быть продана зарубеж, или поменять юрисдикцию.