Плюсы системников (для фирм/предприятий/организаций, так как в вопросе сказано явно не о домашнем использовании):
- простота апгрейда
- простота ремонта
- простота профилактики (очистки от пыли)
- практически отсутствует проблема перегрева (при недостаточной частоте профилактики)
- сложно "незаметно вынести"
Плюсы ноутбуков в тех же условиях:
- базовая стоимость сейчас уже как правило ниже комплекта системник+монитор+ибп
- аккумуляторная батарея держит дольше чем ИБП системник, "авральный" дизель-генератор не нужен обычно
- требуется меньше места
- в помещении гораздо тише
- потребление электричества в разы ниже
- лицензионный Windows (ОЕМ) как правило выходит по цене воздуха
- конечно же, простота перемещения, включая командировки
Добавьте пунктов по вкусу, подведите итог, сделайте выбор.