В случае файлопомойки юзеров, отраженной на файловой системе, хорошо себя показывает uuid разбитый по дефису на подпапки
Например для 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000 будет примерно следующая ссылка: site.ru/550e8400/e29b/41d4/a716/446655440000
А на диске это будет например так: ./uploads/550e8400/e29b/41d4/a716/446655440000