Я в точно таком же случае сделал так:
1) Установил Ubuntu на SSD ( / )
2) Но домашний каталог сделал на HDD ( /home )
Итог, система занимает всего 6-7 ГБ (из 24-х), а файлы и настройки хранятся на HDD. Производительность выросла в разы по сравнению с тем, когда всё было только на HDD