Если задача — только анализировать передаваемые данные, то для начала можно ограничится цифровым осциллографом. А вообще существует куча микроконтроллеров с поддержкой USB. Проблема может быть в том, что требуются и master, и slave, что на одном контроллере может быть труднореализуемо. Вторая проблема — скорость передачи, для поддержки USB2.0 нужен контроллер, работающий на высокой тактовой частоте. Еще одна трабла в том, что на физическом уровне сложно что-то эмулировать, если это простая ретрансляция команд — задача достаточно простая, то их изменение уже напряжно, особенно, если неизвестен протокол обмена.