Сфинкс держит почти все индексы в памяти (ОЗУ + SWAP), во время индексации он передает все данные опять же через SWAP не частями а полным размером индексов (возможно так реализован мерж того что есть с новым индексом), если SWAP'а не хватило то система убивает процесс. Мы решаем проблему увлечением свопа + дельта индексы.
Посмотрите еще тут
https://tools.sphinxsearch.com/ , они реализовали мониторинг и управление сфинксом через WEB интерфейс, можно смотреть какой объем занимаю ваши индексы, сколько их в памяти сколько на диске.
А кто то знает можно ли настроить логику передачи индекса частями после полной индексации так чтобы не держать SWAP объем 2 размеров индексов?