Если не хотите разгребать неделю противоречия - не делайте так.
У FreePBX есть отличие и в структуре конфигов, и в формате. И, главное, часть конфигурации хранится в БД. Приоритеты не всегда очевидны.
Забекапте конфиги. Установите FreePBX, сделайте базовую настройку, а потом руками переносите диалплан и абонентов.
Ну и еще раз подумайте, нужна ли Вам эта достаточно кривая надстройка, при условии работающего Asterisk-а.