У хостера полно возможности смотреть в вашу виртуальную машину без "вшивания" чего-либо туда. Машины под гипервизором для администратора выглядят примерно как сеансы разных пользователей в одной ОС, файловая система полностью открыта, доступ к оперативке тоже несложно получить.
А образы берутся оригинальные (для OpenVZ только отделяется ядро) их нет смысла патчить.
root уже удалил
Прекрасно. Можно уже начинать переустанавливать.